ภายหลังจากที่พระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าบริพัตรสุขุมพันธ์ เสด็จกลับจากยุโรปราวต้นเดือน พฤษภาคม ร.ศ. ๑๒๒ หรือ ปีพ.ศ. ๒๔๔๖ ทรงเสด็จไปทรงงานที่กรมยุทธนาธิการทหารบกได้เพียงแค่ไม่ถึง ๑ ปี ทรงได้รับพระภารกิจอันหนักหนาชิ้นใหญ่จากสมเด็จพระราชบิดา กับการได้รับแต่งตั้งเป็น “ผู้บัญชาการทหารเรือ” ต่อจากสมเด็จเจ้ากรมพระยาภานุพันธ์ อันเป็นเรื่องที่ทรงหนักพระทัยพอสมควร ด้วยทรงสำเร็จการศึกษาตามหลักสูตร “ แฟนริช ” จากโรงเรียนนายร้อย และวิทยาลัยเสนาธิการ เมืองเบอร์ลิน ซึ่งเป็นหลักสูตรสำหรับทหารบกเท่านั้น เหมือนกับพระองค์ต้องเริ่มการทำงานจากศูนย์พร้อมศึกษาหลักสูตรเบื้องต้นของทหารเรือไปด้วยในตัว

เพียงแต่ว่าพระภารกิจหลักที่สำคัญยิ่งกว่าการปกครองทหารเรือนั้นก็คือ เพื่อสะสางปัญหาอันยุ่งยากที่เกิดขึ้นในกองทัพ เช่น กองทัพเรือประสบปัญหาการเป็นลูกหนี้ห้างอีสท์เอเชียติ๊ก เป็นจำนวนถึง ๒ แสนบาท และปัญหาความแตกแยกที่เกิดขึ้นระหว่างพวกหัวเก่าและพวกหัวใหม่ เป็นต้น โดยงานนี้ทรงได้ พระยาเทพอรชุน (เจ๊ก จารุจินดา) เป็นพระพี่เลี้ยงในการศึกษางานทหารเรือและช่วยไกล่เกลี่ยข้อพิพาทของพวกหัวเก่าและหัวใหม่ไปในตัว

จาก ‘บันทึกความทรงจำบางเรื่อง ของ หม่อมเจ้าหญิงประสงค์สม บริพัตร ในสมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์วรพินิต’ ได้เขียนบันทึกถึงการสะสางงานหลักๆในกองทัพเรือของสมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์ฯ ไว้หลายเรื่อง ได้แก่ การสะสางเรื่องบัญชีรายรับรายจ่ายเงิน เพื่อสะสางปัญหาหนี้ที่ค้างอยู่ของกองทัพเรือ โดยตัดรายจ่ายฟุ่มเฟือยอันไม่จำเป็นกับบริษัท อีสท์เอเชียติ๊ก เช่น  ทรงตรวจสอบและยกเลิกคำสั่งซื้อสิ่งของไม่จำเป็นหลายอย่าง ไม่วาจะเป็นการยกเลิกสั่งซื้อฟืน โดยให้เปลี่ยนไปซื้อจากพ่อค้าฟืนโดยตรง , หม้อน้ำเรือกลไฟที่ไม่ได้ใช้งานให้จัดส่งคืนบริษัท , อาหารสดให้ทหารเรือจ่ายตลาดเอง เป็นต้น ซึ่งสามารถลดค่าใช้จ่ายลงได้หลายเท่าตัว

ทรงจัดและปรับปรุงกรมพระธรรมนูญและข้อบังคับการลงโทษทหารเรือให้ทันสมัยมากขึ้น โดยได้ พระธรรมนูญบริรักษ์ (พร เอกะนาค) เป็นผู้รั้งตำแหน่งเจ้ากรม ต่อมาทรงมีพระราชดำริร่วมกับ กรมหลวงชุมพรฯ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ในเรื่องจัดตั้งโรงเรียนนายเรือขึ้น ที่พระราชวังเดิมของพระเจ้ากรุงธนบุรี โดย กรมหลวงชุมพรฯ ทรงยินดี และรับรองว่าจะทรงจัดตั้งโรงเรียนสอนให้สำเร็จ และเรื่องที่สำคัญที่สุด คือเรื่องบัญชีและการเงินของกองทัพเรือ โดยหลังจากทรงทำงานได้ปีเศษ พระศรสำแดง ผู้รักษาเงินของทหารเรือถึงแก่กรรม ทรงได้แต่งตั้ง หม่อมเจ้าตุ้ม สนิทวงษ์ หรือ พระวรวงษ์เธอ พระองค์เจ้าสนิทพงษ์พัฒนเดช มารับหน้าที่ดูแลการเงินแทน แต่หม่อมเจ้าตุ้มไม่รับตรวจบัญชีเก่าที่พระศรสำแดงเคยดูแลค้างไว้ ทำให้ สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์ฯ ทรงต้องไปปรึกษากับ เสนาบดีกระทรวงพระคลังมหาสมบัติ (พระเจ้าบรมวงษ์เธอ ชั้น ๔ กรมหมื่นมหิศราชหฤทัย) เพื่อขอประทานผู้ตรวจบัญชีฝีมือดีมาเพื่อสะสางบัญชีเก่า โดยกระทรวงพระคลังมหาสมบัติได้จัดส่ง นายฟลอเลียว ไปช่วยตรวจสอบบัญชีถวาย ผลปรากฏว่า มีเงินขาดไปมากจากการเบิกเงินแล้วไม่นำมาคืน และพบว่ามีผู้ยักยอกเงินไปหลายครั้ง ครั้งละ ๔๐๐ บาทบ้าง ๕๐๐ บาทบ้าง จึงทำการสอบสวนจับกุมผู้กระทำความผิดไปลงโทษต่อไป

ทรงปรับปรุงแผนกการแพทย์ทหารเรือขึ้นใหม่ โดยทรงขอหม่อมเจ้าถาวรมงคลวงษ์ ไชยันต์ ซึ่งอยู่ประจำโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์มาเป็นแพทย์ใหญ่ เพื่อปรับปรุงระบบการแพทย์ทหารเรือให้เจริญขึ้น ทรงตั้งกรมชุมพลทหารเรือ สำหรับบังคับบัญชาทหารเรือแผนกเรือกลไฟ โดยมี พระยามหาโยธา (ฉ่าง แสงชูโต) เป็นเจ้ากรม ทรงสร้างและขยายอู่ต่อเรือให้ใหญ่ขึ้นกว่าเดิม โดยได้ พระยาวิจิตรนาวี (วิลเลียม บุณยะกลิน) เป็นผู้ควบคุม ทรงสร้างคลังแสงทหารเรือขึ้นที่บางนา สมุทรปราการ หรือ กรมสรรพาวุธ มี พระยานาวาพลพยุหรักษ์ (ม.ร.ว.พิณ สนิทวงษ์) เป็นเจ้ากรม

นับได้ว่าการสะสางปัญหาในกองทัพเรือ เป็นพระภารกิจอันใหญ่โตอีกประการหนึ่งของ สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์วรพินิต ที่ได้ทรงใช้ทั้งพระกำลังและพระสติปัญญาของพระองค์ในการแก้ไขปัญหา จนทรงประชวรหลายต่อหลายครั้ง แต่พระองค์ก็ทรงจัดการจนสำเร็จ นับเป็นอีกหนึ่งก้าวสำคัญของทหารเรือไทยที่ได้รับพระกรุณาจากพระองค์ แต่อีกหนึ่งปัญหาที่ไม่ทรงสามารถแก้ไขได้เลย ตลอดช่วงพระชนม์ชีพของพระองค์ นั่นก็คือเรื่องเล่าลือกันต่างๆนานาถึงเรื่องความคิดขบถของเจ้าฟ้าบริพัตรฯ ที่เป็นเรื่องกระซิบอันโจ่งแจ้งที่สุดของยุคนั้นอีกเรื่องหนึ่ง

และสำหรับท่านใดที่สนใจอยากติดตามภาพถ่ายเก่า เอกสารโบราณ และเกร็ดเล็กเกร็ดน้อยอ่านสนุก ก็สามารถติดตามได้จากหนังสือชุด สมุดภาพสยามเรเนซองส์ : ความทรงจำแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เล่ม ๑ และ ๒ Reminiscence of Rattanakosin Vol.1 – 2 (1851 – 1911)

หนังสือชุดที่รวบรวมภาพถ่ายและภาพพิมพ์สมัยรัชกาลที่ ๔ – ต้นรัชกาลที่ ๖ จำนวนกว่า ๘๐ ภาพ ในกรรมสิทธิ์ของสำนักพิมพ์ สยาม เรเนซองส์ ที่ได้นำมาวิเคราะห์เรื่องราวในแง่มุมต่าง ๆ และคลี่คลายเหตุการณ์เบื้องหลังภาพโบราณเหล่านั้นด้วยเอกสารชั้นต้น เจ้าของรางวัลหนังสือดีเด่น ประเภทหนังสือสวยงามทั่วไป โดยสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.)